San Francisco es el sexto de los ocho municipios que conforman el bello Departamento de Atlántida, ubicado entre los municipios de La Masica y El Porvenir.
Es considerado como uno de los municipios más antiguos, con una extensión territorial de 284.3 kilómetros cuadrados que se divide en 12 aldeas y 63 caseríos.
La originalidad de su nombre es en honor a Don Francisco Matute, quién lucho para lograr la creación del Departamento de Atlántida.
Historia de San Francisco
El Municipio de San Francisco fue fundado el 14 de enero de 1903, durante la presidencia de Terencio Sierra.
Anteriormente, según los datos históricos del Archivo Nacional, la comunidad de San Francisco era una aldea, conocida con el nombre de «El Jimerito».
En sus inicios como municipio continuaba con el nombre de El Jimerito, sin embargo, poco después fue llamado «Frisco».
Sus primeros habitantes eran personas provenientes de Olanchito y Arenales, Departamento de Yoro y se dedicaban a la agricultura y la ganadería.
Además, San Francisco cuenta con Cuenca del Río San Juan y Río Cuero, la cuenca hidrográfica principal del Departamento de Atlántida.