El museo de Comayagua, en el año 1970 pasa a ser parte de los museos estatales protegidos por el Instituto Hondureño de Antropología e Historia.
Fue de los primeros restaurados, plan del Maestro de revitalización del centro histórico de la ciudad de Comayagua en 1999.
En el año 2008, el Museo se transformó en el oficialmente El Museo de Comayagua, con diez salas de exposiciones y con temáticas más completas.
El museo cuenta con una colección de objetos arqueológicos de la antigüedad hasta la actualidad con objetos prehispánicos.
Algunos de los artículos de la colección son de origen lenca de los diferentes períodos y sitios de ocupación precolombina en el Valle de Comayagua.
El horario del Museo, abierto de Lunes a Domingo de 8:00 a.m. a 4:00 p.m.