La iglesia está dedicada a San Francisco de Asís, y es por eso que se llama así, fue fundada por Obispo Fray Alonso de la Cerda.
Es la segunda iglesia más antigua de Comayagua, e incluso es donde se encuentra la campana más antigua de América, la campana Antonina.
Además, esta campana fue fundida en Alcalá de Henares en el año 1460.
Para una congregación religiosa en España y luego traída a Nueva España, lo que se conoce hoy como Honduras.
El diseño arquitectónico es de la época del Barroco y renacentista colonial tardía. Su techo se compone de madera de caoba y tejas.
Al interior sobresalen detalles barrocos salomónicos del siglo XVII, preciosos tallados en madera, cubiertos con lamina de oro.
En uno de su nichos apreciamos la cruz, fue inicialmente se encontraba en la plaza.
Luego, dicha cruz fue movida en el año 1603, hacia la catedral.
